夫妻两人户口不在一起，生两小孩，一孩…

夫妻两人户口不在一起，生两小孩，一孩户口随父，一孩户口随母亲可以吗？正值第六次人口大普查，我正为超生孩子上户口的事愁，请问律师朋友，第二胎超生小孩子如何办出生证明以及准备什么办户口呢？我的情况是夫妻俩的户口在不同的地方，大的随我，小的怎么办